Karena kekurangan dokter gigi di era pasca perang selama tahun 54-an di Taiwan, Dr. Ju-Chuan Chou mendirikan Chung Shan Dental Junior College (pendahulu dari Chung Shan Medical University ) pada tahun 1960 dengan tujuan untuk melatih dokter gigi. Sekolah itu dinamai Dr. Sun Yat-Sen, alias Chung-Shan, sebagai pengakuan atas patriotismenya. Permintaan akan institut untuk ditingkatkan ke tingkat perguruan tinggi semakin meningkat seiring waktu. Setelah banyak upaya dan penegakan program, pada tahun 1977, sekolah kami diberikan oleh Departemen Pendidikan untuk melanjutkan ke Perguruan Tinggi Kedokteran dan Gigi Chung Shan. Namun, kami terus maju dan berkembang. Pada tahun 2001, institut ini direorganisasi menjadi Chung Shan Medical University (CSMU).
Saat ini, CSMU terdiri dari empat fakultas, yaitu Sekolah Tinggi Kedokteran, Sekolah Tinggi Kedokteran Mulut, Sekolah Tinggi Ilmu dan Teknologi Medis, Sekolah Tinggi Perawatan dan Manajemen Kesehatan, Sekolah Tinggi Ilmu Humaniora Medis. Ada 21 departemen akademik dan 18 institut pascasarjana. Kami memiliki sekitar 450 staf pengajar tetap, 250 staf pengajar paruh waktu, dan 260 staf yang bekerja di kampus. Dan sekitar 7.566 mahasiswa sarjana dan pascasarjana terdaftar.
Selain itu, sebagai universitas kedokteran, kami memiliki empat distrik rumah sakit yang berafiliasi --- Distrik Da-Ching, Distrik Chung-Kang, Distrik Wen-Hsin, dan Distrik Chung-Shing. Setiap distrik memiliki spesialisasi dan fasilitas klinis mutakhir, misalnya mesin pemindai PET pertama di Taiwan.