Uganda menjadi tuan rumah universitas tertua di Timur Tengah dan Afrika, yang merupakan Universitas Makerere. Universitas ini telah menjadi pusat keunggulan akademik selama beberapa dekade untuk tidak hanya Uganda mahasiswa tetapi juga siswa lain di wilayah tersebut. Uganda memiliki lebih dari 30 perguruan tinggi negeri.